福建师范大学具有116年的办学历史，伴随着学校的发展、演化，体育课程设置到学科专业发展也经历了116年的发展历程。
早在1907年福建优级师范学堂（福建师范大学前身校）创办初期，学堂就聘请了多名日籍体育教师担任体操(体育)课教习；从福建优级师范学堂到1913年更名的福建省立师范学校办学过程中，体操(体育)课始终是应修习的课程。20世纪初，日美学校体育运动项目开始逐渐介绍到福建学校中来，当时，体操（体育）课教师多为日籍。1915年中日关系恶化后，日籍教师全部撤离，学校体育多聘请留学人员和本国体育教师授课，学校体育教育一直是学校人才培养的组成部分。1916年,和爱德（Katherine Willis，美国哈弗大学体育科毕业）来到福建华南女子文理学院（福建师范大学前身校之一，1908年创办）从事体育教育后，注重推行欧美的体育教育学理论，向学生开设《排球》、《篮球》、《网球》、《田径》、《乒乓球》以及早期的哑铃操等课程内容，使学生接受了全新的西方近代体育教育；1919年，近代著名的体育教育家方万邦(1895-1969，福建闽侯县人，毕业于国立北平师范大学体育科）也曾在福建协和大学（福建师范大学前身校之一，1915年创办）从事体育教育工作，他积极倡导的“六化主义体育”（即：教育化、生活化、普遍化、科学化、自然化、游戏化的体育）思想，实现课内外一体化的体育工作目标，积极鼓励学生创办各种社团，以此培养学生自律自为的品质；同时，锻炼学生的组织能力、实践能力和自治能力。至1931年，协和大学的各类学生社团中，体育运动社团有：协大网球队、篮球队、足球队、田径队、乒乓球队等，极大地激发了当时一批青年学生参与体育活动的热情。他还建立了有中国特色的完整的《体育原理》课程体系，对中国30年代的“土洋体育之争”提出了自己的独到见解，并不遗余力地在各级各类学校推行近代西方体育，为中国近代体育发展做出了突出的贡献。
1941年，经过福建省政府的努力，将因抗日战争避难而内迁至福建省永安县上吉山的“福建省中等学校师资养成所”扩办为“福建省立高等师范专科学校”，并正式设立“体育与童子军科”（专业),从此翻开福建高等学校体育教育专业办学的历史篇章。
随着学校的历史变迁，“体育与童子军科”相继于1943年从永安县迁至南平县，后又于1945年迁回至福州市乌石山；1949年8月，福州市解放，福州军管会文教委员会接管福建省立高等师范专科学校，将“体育与童子军科”更名为“体育卫生学系”；1950年9月，福建省立高等师范专科学校更名为“福建省立师范学院”。1951年经中央人民政府政务院核准，将福建协和大学和华南女子文理学院两所高校收归人民所有，合并后定名为福州大学。
1953年9月，经全国高等院校院系调整，将福建省立师范学院、福州大学、福建研究院等合并成立福建师范学院，院址设在仓山区，体育卫生学系也随迁至仓山区公园路。此时，体育卫生学系有刘菘涛、张捷春、陶德悦、危转安等教师从事教学工作。1953年体育卫生学系成立公共体育教研室，危转安老师负责组织全校群众性的体育工作，加强对学生体育锻炼的指导；他于1951年至1958年间曾先后担任福建男排、田径队教练和省体工队田径总教练，征战华东区篮排球比赛、田径运动会和第一届全国运动会，取得了优异成绩，为福建省体育事业的发展做出了突出的贡献。1954年，学校在长安山下建田径场，学生开始在此上课、锻炼。1955年8月，体育卫生学系再迁至长安山下。由于当时省内体育教师紧缺，学校曾在1953-1956年期间改为二年制专科，1956年又恢复四年制本科。福建师范学院传承了师范教育的办学特点，养成学生每天体育锻炼习惯，学生锻炼热情高涨，学校体育工作成效显著。1957年，根据教育部的精神，体育卫生学系更名为“体育系”。1958年后，体育系确立了培养“一专多能”的中学体育师资的指导思想；一方面从理论上与实践上加强“三基”教学，培养“五会”（会说、会做、会示范、会写和会教）；另一方面注重提高学生的专项运动技术水平。体育系于1960年增开四年制运动科和初中毕业入学的五年制专科。1962年恢复本科的四年学制。
1966年5月“文化大革命”开始后，福建师范学院与全国各高校一样，学校被停办、教师被下放、学生被解散、校舍被侵占、设备被分散。到“文化大革命”中后期的1972年，福建师范学院逐渐开始复办并正式定名为“福建师范大学”，体育系的建制同时恢复。自从1976年10月粉粹“四人帮”后，特别是党的十一届三中全会以来，学校体育工作又重新走上正常的发展轨道，体育系除了培养优秀体育专业人才，为福建省中、高等学校输送大量优秀体育教师之外，还全面负责学校公共体育教学工作。1984年，根据国家教育委员会《高等学校体育工作条例》，学校公共体育教研室从体育系分离，成立由分管教学副校长直接领导的“公共体育部”（后更名为大学体育教研部）。
进入21世纪以来，为整合学校办学资源，2001年6月，体育系和大学体育教研部合并，正式挂牌成立体育科学学院。随着我国高等教育的不断发展，办学规模的不断扩大，以及福建高校大学城的建设，2006年8月体育科学学院整体搬迁到福州闽侯大学城现址。
长期以来，体育科学学院历届教职员工卧薪尝胆、艰苦创业，在体育基本理论上建树颇丰；在体育教学理论与方法、运动训练与竞赛等方面积累了大量成功经验；在体育场馆管理上建立了一套科学有效的管理体系。经过几代师大体育人的共同努力，培养出一大批体育人才，为学校的改革发展，为福建体育事业发展做出了突出的贡献。
（以上数据截止至2023年6月）